Seit den Anfängen der intensivierten Zusammenarbeit 2007 hat sich das Berliner Zentrum für Wissensgeschichte zu einem wissenschaftlichen und organisatorischen Netzwerk von vier Berliner Institutionen entwickelt: der Freien Universität Berlin (FU), der Humboldt-Universität zu Berlin (HU), der Technischen Universität Berlin (TU) und dem Max-Planck-Institut für Wissenschaftsgeschichte (MPIWG).
In den vergangenen Jahren hat es sich zu einem Forum für die Wissensgeschichte entwickelt, in dem historische Fallstudien genauso diskutiert und gefördert werden wie auch die theoretische Reflexion der Wissensgeschichte als einem neuen Forschungsfeld. Das Berliner Zentrum versteht sich auch als ein Ort, um die Wissensgeschichte nachhaltig in Forschung und Lehre sowohl wissenschaftlich als auch organisatorisch zu verankern.
Die Zusammenarbeit beinhaltet eine internationalen Graduiertenschule, die International Max Planck Research School „Knowledge and Its Resources: Historical Reciprocities“ (IMPRS-KIR, seit 2022), gemeinsame Forschungsgruppen, Colloquia, Workshops und Konferenzen und ein Programm für Postdoktoranden (2013–18).