In den vergangenen Jahren hat es sich zu einem Forum für die Wissensgeschichte entwickelt, in dem historische Fallstudien genauso diskutiert und gefördert werden wie auch die theoretische Reflexion der Wissensgeschichte als einem neuen Forschungsfeld. Das Berliner Zentrum versteht sich auch als ein Ort, um die Wissensgeschichte nachhaltig in Forschung und Lehre sowohl wissenschaftlich als auch organisatorisch zu verankern.
Zu den bisherigen Schwerpunkten gehören die Einrichtung eines Programms für Postdoktoranden, die Förderung von gemeinsamen Forschungsgruppen, die Konzeption und Organisation von gemeinsamen Colloquia, Workshops und Konferenzen, die Zusammenarbeit in der Lehre. Zu den Plänen für die weitere Entwicklung gehören u.a. ein Ausbau der Förderung von Doktorandinnen und Doktoranden und die Entwicklung eines Curriculum für die Wissensgeschichte.
Das Berliner Zentrum für Wissensgeschichte wird vom Beirat der Kooperationsvereinbarung geleitet. Es wird koordiniert vom MPI für Wissenschaftsgeschichte.